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她的气魄很大，创造了“同书门下平章事”这个奇怪的官名，这是由四品官员直升宰相的制度。由于四品官员人数多，四旋余地大，因为众多老臣反对她，她也不断地把这些思想保守的顽固派拉下座位，她就通过这“同平章事”的头衔，不断起用低级官员，一旦现他们合格，立即把“同”字去掉，变成正式之职，否则便立即改任他职。在她做皇帝的o我年里，有许多宰相是由该职提为正式宰相的。
她驾驭百官的能力也不是一般皇帝能达到的。她不仅有一套措施来考核、升赏、黜贬各级官员，还有一套教育官员的理论体系。她主持编写的《臣轨》和《百僚新诫》便体现了她的理论体系。《百僚新诫》不知何年已失佚了，《臣轨》还能让人见到。这本书共有十章，包括君臣同体、至忠、守道、公正、匡谏、诚信、慎密、廉洁、良将、利人。涉及了规范、教育官员的方方面面，是教育国家官员的好教材，至今仍有较高的借鉴意义。例如说何为公正之官？她指出，只是阿谀君主，让君主心里高兴，这是很坏的官，只能让君主昏暗，赏罚不当，号令不行。君主有了错误，臣下必须“谏诤”，敢于谏诤、为国家社稷而谏诤的官，才是公正之官。她用最根本的一条要求官员，就是要官员的实绩，而不是口头。例如州县官是面对农业和农田的，你所管辖的地区“田畴垦辟，家有余粮”，你就是好官；“为政苟滥，户口流移”你就是坏官。说别的，一概是废话。
任用酷吏是武则天的一大弊政。由于武则天作为女人临朝，又是把李唐王朝一脚踢开，传统思想的官员们一哄反对她，不把顽固势力清除，她根本无法立足。矛盾的尖锐性，客观上让她任用酷吏，清除顽固派，清除李唐宗室。但是，使不少清正之官也遭到杀害，便造成女皇登基前后较长时间的血腥政局。这是女皇统治的黑暗一面，不可原谅。
武则天任用酷吏开始于镇压徐敬业叛乱和裴谋反事件后。当时高宗去世后，武则天直接面对大规模的反对行为和满朝的对对者，政局动荡、矛看尖锐而复杂。当时没有任何力量能调解这种矛看，不是武则天清除反对者，就是反对者齐来踏死武则天。而当时的最市政和权操于武则天之手，她便以政权最严酷的部分，用杀戮解决反对者。她用军人去镇压突然动的叛乱，而用酷吏去对付一个个的反对者。于是，酷吏应运而生。
国古代政治是很奇妙的，似乎什么样的政治气候就会自然产生什么样的人才来。武则天面临的政治很凶险；反对派也面临凶险的政治。这时就产生出一批极其凶残，会以各种手段和刑罚杀人的酷吏，这些人不用组只和训练，就自会害人和杀人。
垂拱二年（686年），一个酷吏诞生了。他叫索元礼，是个“胡人”（即少数民族），他向武则天密告下面的反对者，武则天让他去抓、去办理。结果就抓个正着，而且一抓就是一批。因为当时的反对者本来人数就多，大家都拿斜眼瞪着武则天。所以索元礼抓多少武则天都相信。武则天便认为索元礼是个抓坏人的能手、办理案件的天才，就赏他个游击将军的军衔。
索元礼告密和杀人，很快得了个将军官职，由于赖平民变成了将军。于是，一个个这样的人循迹而来。尚书都事长安籍的周兴、万年籍的来俊臣，就模仿着索元礼办法干。周兴就长官迁为秋官侍郎（刑部司郎），来俊臣弄了个御史丞的高级官。
于是，这几个著名的酷吏应运而生。酷吏们抓人用的是诬告的办法，而且一告就准，原因是他们收买一批无赖，一起投状上告，不由人不相信。而审讯用的酷刑，挖空心思想出来的残酷，不怕疑犯不招供。人抓到了，口供也有了，武则天不能不信他们。他们用的酷刑明目繁多，数不过来，有什么定百脉、突地吼、死猪愁、求破家、反是实、凤凰晒翅、驻驹拔撅、仙人献果、yu女登梯等等。名字名雅或俗，效果都是一样，不报供就一直整下去，除非被整死，不然无人能过得去他们明的凶刑。他们自己为组织队伍，由周兴、来俊臣、万国俊共同编写了《罗织经》，是专门研究怎样诬告、连琐诬告方法步骤的。至于如何让人招供，只要有一颗豺狼凶残之心，现场学习用酷刑逼供就可以毕业通过，成为合格的酷吏＇《资治通鉴》，卷o，垂拱二年三月。＇。
抓住疑犯后，把无数的刑具摆出来，或拉出个犯人现场一表演，疑犯便战抖流汗，自愿招供，免受皮肉之苦。可是，武则天经常布赦令，敕免天下一般罪犯。这帮酷吏们一见敕令，就立即让狱卒杀死重囚，然后再宣布敕令，人已弄死了，只能让死尸听敕了。
开始一段，酷吏们诬告、杀害的人多是无名之人，历史上也没有记下被害者的姓名。到武则天称帝之后，因改朝换代，必然要清除一些死硬的反对派，这主要是李氏宗室王和朝及地方官员。酷吏们看准时机，便把迫害的矛头对准了朝野的反对派大臣。
永昌元年（689年）七月，徐敬业的弟弟徐敬真从流放地绣州逃了出来，想投奔突厥，后辗转逃到洛阳，洛州司马弓嗣业、洛阳令张嗣明给他钱助他出逃。但逃到定州时被抓住，当真相大白后，弓嗣业先被绞死。张嗣明、徐敬真想用陷害别人立功得到免死，使诬认了许多人，说他们都是与徐敬业一同谋反者。先是诬招了讨伐诸王叛乱的元帅、出任内史的张光辅，他便和张嗣明、徐敬真一同被处死。而洛阳令魏元忠、秋官尚书张楚金、陕州刺史郭正一、凤阁侍郎元万顷等高官也一同被诬招。
武则天得到这个奏报，心甚为疑惑：魏元跽是剿平徐敬业叛乱的功臣、郭正一和元万顷是她一手提拔的亲信。但她对谋反是敏感，已批准处他们死刑了。到临行前才突然决定保住他们，赶紧派凤洛舍人王隐客往法场传旨救人。王隐客害怕耽搁，他飞马扬鞭，一路高喊：“皇帝有旨刀下留人”声音直到刑场，张楚金等死里逃生，高兴得站起来连连高呼。唯独魏元忠跪着不起，口说：“虚实未知。”王隐客飞马赶到，让他起来，他又说：“俟宣旨已。”敕旨宣毕，徐徐站起谢恩，但脸上却无表情。这几个人皆被免死流放岭南。
彭州（四川彭县）长史刘易从也被同时诬招，在彭州被杀。因其官声甚佳，行刑时吏民们前来告别，脱衣投地曰：“为长史救冥福”投在地上的衣服可值十万钱＇详见《资治通鉴》，卷o4，永昌元年闰九月戊申条。＇。
同年九月，周兴诬告宰相魏玄同谋反。原来，在高宗时周兴做河阳县令，高宗想提拔他，有人反对，周兴尚不知情，到朝堂上等消息。魏玄同当时是地官尚书、检校纳言、同平章事，见到周兴便说：“周明府可以去矣。（唐人呼县令为明府），周兴便以为魏玄同阻挠他，便记恨在心。此时，周兴便想搞夸魏玄同。因魏玄同与裴炎关系好，周兴便诬奏：“魏玄同与裴炎为耐久朋。”（即始终不渝的好朋友），又说：魏玄同曾说：“太后老矣，不若奉嗣君为耐久。”意思是做武则天的官做不了几天，不如做李旦的官长久。当时武则天年近古稀，此话正其心病，立时震怒，下令赐死于家。监刑御史房济知魏玄同被冤，便让他反告周兴以自直。魏玄同说：“人杀鬼杀，亦复何殊，岂能做告密人邪”于是从容而死。魏玄同出身寒门，极力支持武则天的改革，反对门阀制度，由于酷吏周兴的诬告的确有一套办法，被无辜冤死。
与此同时，夏官侍郎崔詧被诬告而死；不久右武卫大将军、出身百济的名将黑齿常之又被周兴诬告谋反，也被屈杀＇《资治通鉴》，卷o4，永昌元年八月到九月。＇。
………【第四百七十章。勿看】………
第四百七十章。勿看
公地69年，武则天在这一年又用了三个年号，四月以前是天授三年，四月改为如意元年，九月再改为长寿元年。公元684年也用过三个年号，即嗣圣元年、明元年和光宅元年，因为那一年生三件大事，即高宗驾崩后宗即位、废宗李旦即位、武则天代李旦临朝执政，宗、睿宗、太后临朝各用一个年号。公元69年是她自己做皇帝为何用三个年号？原来那年女皇虚岁是七十岁了，“人到七十古来稀”，女皇七十了，她自然有所感想，先改个“如意”是图个吉利，想顺利闯过七十大关，再往另一个“坎”上奔。这年五月，她还禁屠宰，都是图吉享，想春秋高寿，寿比南山。
但奇怪的事居然生了，又过四个月，到八月底已掉的牙床里竟然长出了新齿。这一奇迹让女皇太兴奋了，所以才又改元长寿的。史书自然有点不怀好意，这么记载：“太后春秋高，善自涂泽，虽左右不知衷。丙戍，敕以齿落更生，九月，庚子，御则天门，改元。更以九月为社。”＇《资治通鉴》，卷o5，长寿元年九月。＇年轻就是年轻，史书非说人是“善自涂泽”，好了，七十岁了又长出新牙来，这个不是谁都能做得到的，史书没办法，只好老老实实记载，如果武则天能自动掉下脑脑袋，史书就该大事渲染了。又长出新牙了，史书就写那么一小句。而武则天当时不知怎么高兴呢？在百官的簇拥下，武则天登上高高的则天门，接受百官的拜贺，改元长寿元年，大赦天下。
武则天精力充沛、思想活跃、日理万机，一直想不到年龄问题，这一年她所以挂念年龄和寿兴问题，主要有个嗣位问题缠绕着她，具体来说是武承嗣为争夺皇嗣兴风作浪，她拿不定主意，认为不如自己再活一百年，让他们无法争夺。
然而，在武承嗣的眼睛里，姑姑毕竟年已古稀，说不上哪天突然驾鹤西去，自己的命运如何，实在凶险。他是武氏嫡长，最先继承武士彟的爵位，姑姑称帝，又以亲王出任宰相之职。但他心如明镜，这一切靠的是皇上这棵大树，大树一倒，一切就难测。所以，他加紧培植党羽，笼络大臣，树立威信，牢牢控制朝局。并利用酷吏，整治那些仇武家的大臣，恨不能把他们全部清除，换上自己的亲信。然而，自己的亲信全是些无耻的小人，如傅游艺、宗秦客、来俊臣等，没有一个如狄仁杰、魏元忠般的忠诚、正派而有能力，这些大臣全部是自己的死对头。所以，他十分清楚，一旦女皇帝不在了，天下绝不可能再是武家的。他们也一定会被清除。所以，只有皇嗣是武家的、是他武承嗣，天下才能是武家的，他以合法的身份出现在朝廷上，反对派只有依附他才能继续做官，最终必然会转向他一面，那时武周的天下才能代代传下去。
他不敢公然向姑母讨要皇嗣继承权，因为现在的皇嗣是姑母的亲儿子，姑侄的关系亲不过母子关系，他太没有把握能讨到皇嗣继承权。这些，都是武承嗣为之焦虑不安的问题，也是他最为关心的问题。
这些问题正好也是武则天最为难的问题，她心也像明镜，自己的身体再好，再换几颗新牙也没有用，人到古稀就像日薄西山，没有几年好过，唐朝的前三帝都只活了五十几岁，唐太宗的身体那么雄壮，才刚活到五十出头。自己死后究竟让谁来继统？自古以来，皇帝没有一个不是传位给亲生儿子的。但是，自己的儿子姓李不姓武，如果传嗣给儿子，天下又成了李家，武周政权自然就消亡了。以前她解决的办法是把儿孙们全改为武姓，当今的皇帝变成了皇嗣，已改为武姓了。李贤的儿子光顺、守礼、守义及女儿长信公主都是武姓；宗之子重润、重福、重俊、重茂也都改为武隆；睿宗之子成器、成义、隆基、隆节、隆业都姓武了。这两一来明显产生了尖锐的新矛盾，武姓宗室王与李姓宗室王对立而存在，形成了对立的两个阵营。现在因为她的存在，这两个阵营还没有公开反目，但她知道他们之间的仇恨愈来愈厚，矛盾也愈加尖锐。一旦她不在了，他们会各自组织，血拼一场。
她曾经试图在时解决这些矛盾，解决的办法是打击自己的子孙，让武姓王扬刀立万，为武姓王继统立下基础，让武大臣偏向武姓王，这是她让武周天下继续的决定。其表示是长寿二年开始，在宗祖祭祀时，她作为皇帝初献，让武承嗣亚献。同时，把李姓王降级，以恒王成义为衡阳王、楚王隆基为临淄王、卫王隆范为巴陵王、赵王陵业为彭城王＇《新唐书》，卷4，本纪四，