队就趁势攻下四平，俘虏几千伪军，并缴获了大量武器装备。随后，黄克诚将十旅部署在开原一线，阻止国民党军北上。4月中旬、下旬，苏军开始从长春、哈尔滨撤退，刘震即率三师八旅一部和特务团，在东满部队的配合下，于4月18日攻下了长春，消灭国民党“铁石部队”1万余人，缴获作战物资甚多。夺取长春后，又用火车运送特务团北上，于4月20日攻下了齐齐哈尔，歼灭伪军数千名。 与此同时，在北满的山东部队七师和三五九旅之一部，也于4月28日攻占了哈尔滨，歼敌近万名。三师与兄弟部队在这一阶段中连续攻城作战，共毙俘伪军近3万人，缴获的军用物资堆积如山。使刚出关时窘困不堪的三师，彻底解决了部队的给养和装备问题。
1946年8月，以新四军第三师机关的一部分干部人员组成西满军区。黄克诚改任西满军区司令员（政委由中共西满分局书记李富春兼任）。 9月，三师主力被改编为东北民主联军第二纵队，刘震任司令员，吴法宪任政委兼政治部主任，吴信泉任副司令员兼参谋长。原三师的第八旅则改称第四师，师长陈金玉，政委李雪三；第十旅改称第五师，师长钟伟，政委王凤梧；独立旅改称第六师，师长兼政委吴信泉。第二纵队共计3万余人。 而原三师的七旅则被调出，与山东部队的七师合编为第六纵队（即后来的东北野战军第四十三军，七旅亦改称第十六师）。1947年8月，又以三师的三个特务团为骨干，加上西满军区地方部队一部，组建了东北民主联军第七纵队（即后来东北野战军第四十四军）。
如果说在东北民主联军几个纵队中，一纵排老大的话，那么在各主力纵队的所有师里，二纵第五师则为第一主力师。
五师师长钟伟最能打硬仗恶仗，又最爱骂人、最能抢东西。这在东北部队中都是出了名的。 他在苏北当团长时就是如此。一次，他命令两个连分头去打日军的两个炮楼。一个炮楼很快打下来了。另一个连的连长是新调来的，不了解钟伟的脾气，指挥作战犹犹豫豫，半天也没打下来。钟伟知道后，派警卫连连长去传话：一小时后再打不下来，让他提着脑袋来见我！结果那个连长一咬牙，很快就把炮楼打了下来。
1947年秋天，“东总”两辆弹药车路过郑家屯五师 的驻地。正在为部队弹药发愁的钟伟看到后，心中大喜。他立刻招手叫车停下，上去一个连就把弹药全给卸了。 总部押车的干部感到十分为难，求他：“钟师长，你让我回去怎么向上面交待呀？” 钟伟满不在乎地回答说：“我给你打个收条。都是八路，都为打国民党，还分什么你的我的！” 据五师的老人说，像这样的事情，钟伟可没少干过。因此有人说五师才是真正的“野”战军，野得很！
最能体现钟伟打仗个性的，要算是三下江南中的靠山屯战斗了。 1946年底至1947年初，是东北民主联军南满根据地最困难的时期了。 杜聿明企图首先集中东北国民党军主力，消灭位于南满的共军主力三纵和四纵，然后再回过头来围剿北满、西满的我军。为粉碎敌人“先南满后北满” 的阴谋，东北民主联军确定了“南拉北打”的战略方针。1947年1月至3月，北满主力一纵、二纵和六纵，冒着零下40度的严寒，三次南过松花江，进入敌占区主动出击，有利地配合了三纵、四纵巩固南满根据地的斗争。这便是有名的“三下江南”作战。
在前两次过江作战，二纵均担负钳制敌军，策应一纵、六纵作战的任务。 二纵主力五师则作为全军之预备队，待机打援。因此二纵只有眼睁睁地看着兄弟部队大开杀戒，而自己却与立功建业无缘。直到三下江南战役，二纵才总算捞到了硬仗打。其中尤以钟伟的五师最为突出，而且一仗立威扬名。
二下江南后，我北满主力主动回撤松花江北后，国民党东北“剿总”司令杜聿明为挽回面子，令其第七十一军三个师（第八十六、第七、第八十八师）和新一军两个师（第三十、第三十八师）渡过松花江，企图与我决战，但过江的敌军发现有被我围歼的危险后，遂慌忙向南逃窜。我北满主力一纵、二纵和三纵则跟踪追击，于3月8日开始了三下江南战役。 东总司令林彪给二纵五师的任务是，进至长春路东，配合一纵包围消灭位于大房身的敌人一个团。
3月9日，五师到达靠山屯西南。他们白天睡觉，夜晚行军。黄昏起来正准备赶路时，就听见西南方向的姜家屯和王奎店那边乱哄哄的，像是有情况。钟伟派人去侦察，果然是驻有敌人的两个营。他当即拍板，先吃掉这股敌人再说。 有人提醒他，咱们的任务可是去打大房身啊。钟伟破口骂道：“什么娘卖×的大房身，送上门的敌人给我打！” 十四团一个冲锋就拿下了姜家屯，俘虏敌人200多名。但王奎店那边却不顺利。这时林彪命令下来，催促五师立即赶往大房身。钟伟回话说，等把这股敌人吃掉马上就去，接着命令部队继续猛攻。 没想到王奎店敌人拼死突围成功，跑到靠山屯与那里的一个团会合。敌人前脚跑，钟伟率五师后脚追到。 经过一夜的激战后，五师扫清了外围之敌，将残敌压缩到东南角烧锅（烧酒作坊）大院内的核心据点里，烧锅大院四周大围墙有丈余高，沿墙筑有大小地堡百余个。院内也遍布地堡，每座屋子的墙上都有枪眼两三排，每个屋角屋顶又都筑有工事。守敌配有8挺重机枪、40多挺轻机枪、两门82迫击炮和数十门60迫击炮。各种火力交叉，构成了一片找不出一个掩蔽死角的火力网。使得大院成了易守难攻的据点。敌军仗着火力强盛，企图凭险固守待援。这时，林彪又来催五师执行总部意图。钟伟派人回话说，我这里都快吃 掉敌人一个团了，再说押着一大堆俘虏也抽不开身啦！天亮后，钟伟命令部队向烧锅大院发起攻击。但由于没有炮火保障，只能靠人送炸药包爆破围墙，所以连冲四次也未能攻进院内。此时，敌八十八师又派出一个团回援。援军的到来，如同给院内守敌服下了兴奋剂，一时间回光返照，抵抗更加顽强，并妄图里应外合，一举逃掉。对于这块好容易捞到口的大肥肉，钟伟可不会让它轻易地溜掉。 就在这会儿，林彪的第三次催促令也到了。有人说，这回不走也得走了。 钟伟一拍桌子，骂道：“谁再说走，老子就枪毙了他！”他一面派出部分部队阻敌援军，一面命令攻坚部队重新部署，做好从两个方向同时攻击的准备。 同时向林彪汇报：“我现在可抓住了条大鱼，五师就在这打了，快让一纵他们来配合我们吧！”二纵五师在靠山屯捉住敌八十八师一部后，吸引了敌八十八师由德惠，八十七师由农安赶来增援，结果造成了我北满主力大量歼敌的有利机会。于是林彪命令一纵向西急进，插至衣安以东、德惠以西地区，截断敌军之退路；二纵四师、六师则西出阻击援敌，以保障五师歼灭靠山屯之敌。 五师激战到深夜零时，终于将靠山屯守敌全歼，共计歼敌1330余人，缴步枪近800支，轻重机枪94挺，各种火炮19门，汽车8辆，战马107匹。 随后二纵五师和四师又配合一纵等部队，将敌八十七师主力包围在农安与惠德之间的郭家屯、王家车铺和凤家屯等地。结果使得企图北犯松花江的敌八十八师全部被歼，敌八十七师损失近半。 就这样，由于钟伟的主动求战，整个三下江南作战来了个本末倒置，不仅调来了一纵和二纵，而且把林彪都指挥了。
据说林彪后来曾说过：要敢于打违抗命令的胜仗，像钟伟靠山屯那样，三次违抗命令。 三下江南战役，我北满主力共毙伤敌军2500余人，生俘敌人5000余名。 实为三次南下作战中，战果最辉煌的一次，二纵尤其是五师，则为此辉煌战果立下了头功。从此，更加巩固了其在东北野战军中的主力地位。
东北军区司令部评价二纵五师是：“该部队系东北部队中最有朝气的一个师，突击力最强，进步快，战斗经验丰富，攻、防兼备，以猛打、猛冲、猛追，三猛著称，善于运动野战，攻坚力亦很强，为东北部队中之头等主力师。”在东北野战军12个主力纵队的36个师中，五师能得到如此之高的评价，实为二纵之光荣。
三下江南之后，1947年4月，独立第一师编入第二纵队。 1948年1月，东北民主联军改称东北人民解放军，第二纵队番号仍不变。 当年8月，东北军区前方第二指挥所改称东北野战军第二兵团后，二纵隶属第二兵团建制。之后，二纵先后参加了攻克锦州，围歼廖耀湘兵团和解放沈阳的一系列重大战役。1948年底至1949年初，中央军委进行了统一全军编制及番号的工作。1948年11月1日，第二纵队改称为中国人民解放军第三十九军，军长刘震，政治委员吴法宪，副军长谭友林、孙子仁，参谋长王良太，政治部主任李雪三。原二纵第四师改称第一一五师，师长胡继成，政委李世安；第五师改称第一一六师，师长吴国璋，政委石玻；第六师改称第一一七师，师长张竭诚，政委李少元；独立第一师改称第一五二师，师长罗华生、政委邱子明。
东北军区司令部对该军的评价是：“三十九军部队历史较老，战斗力有基础，攻击力强，其中尤以一一六师战斗力为最强，一一五师及一一七师次 之，各部队均善于野战，为东北部队中之主力军。”
辽沈战役结束后，蒋介石估计大战过后的东北人民解放军，至少要进行三个月的休整，即到1949年2月之后才可能入关作战。此刻，傅作义指挥的华北60万军队正如同惊弓之鸟，随时可能向西边的绥远或向东从海路逃跑。 为了稳住华北敌人，达到就地歼灭的目的，1948年11月中旬，中央军委指示东北野战军以最快的速度秘密入关，与华北野战军的两个兵团发起平津战役。12月1日，第三十九军挥师入关，并立刻投入了攻克天津的战前准备。
天津战役由四野参谋长刘亚楼指挥。野司集中了5个军22个师的绝对优势兵力，围歼天津守敌。三十九军与三十八军并肩由津西向东实施主要突击。 为保障这一主要突击方向得手，四野特种兵司令部将三分之二的炮兵及20辆坦克，都用来配属三十八、三十九军方面的攻坚作战。
三十九军担负和平门段的主攻任务。其中一一五师在左，一一七师在右，战斗一旦打响后，它们将像两把锋利的尖刀，攻破城垣，插向市中心。突入后的三十八、三十九军，将与由东面对进的四十四、四十五军会师，将天津守敌拦腰切断，然后再分割包围歼灭敌人。三十八军紧贴三十九军之右，负责从西营门段实施突破。两支主力都憋足了劲，势在天津攻坚战中决一上下高低，看谁能最先把红旗插上天津城头。
1949年1月14日上午10时，对天津城区总攻开始。首先是40分钟的炮火急袭。数百门大炮如同愤怒的响雷，向预定目标开始了猛烈的齐射轰击，在三十九军攻击方向上，敌军的明碉暗堡被纷纷端上了天，坚固的城垣也被我强大的炮火轰开了几十公尺宽的缺口。 三十九军一一七师求战心切，其突击部队不等炮火急袭完毕，即在我军炮火尚未向市内延伸时，就已冒着被自己炮火击伤的危险向前跃进，开始了排除突破地段地堡群的战斗。透过前沿阵地上滚滚浓烟，依稀可看见一一七师突击尖兵的红旗已插上了一个个地堡群。 紧贴其右的三十八军突击部队，发现后也不甘落后，也不等发出冲击命令便开始了爆破、架桥、攻击等进攻作业。炮兵部队观察哨见状，气得直骂步兵都不要命了，但为了不伤自己人，也只好通知炮群提前实施炮火延伸。 于是，三十九军和三十八军的突击部队，几乎是紧随着延伸的炮火同时前进，使得被我军炮火炸瞢了的敌前沿官兵，还没等醒过神来，便已做了俘虏。 由于个别突击部队提前冒死冲击，使少数人遭到自己炮火的杀伤，而且也导致我军炮火未能充分发挥出破坏作用。为突破敌军防线造成了一定的困难。
但这一违纪行为，却从一个侧面反映出了三十九军官兵不甘示弱，敢打敢冲的勇猛作风。 三十九军以有徐海东、钟伟这样天不怕地不怕的虎将而感到自豪。同时，众虎将也以其言传身教，培养出了三十九军敢打硬拼的战斗作风。
在整个天津战役中，三十九军共计歼敌2。3万余名，生俘敌六十二军第六十七师少将师长李学玉，一五一师少将师长陈置等将级军官5名，缴获各种炮290门，长短枪985支以及大量其他军用物资和器材。
1949年4月，原东北军区整训司令部组建成第四野战军第十四兵团部，第三十九军改归第十四兵团建制。4月底，第三十九军由河